Макар Армения да става първата държава в света, която приема християнството като своя държавна религия, това не означава, че на нейната почва не се появяват и не получават разпространение някои антихристиянски течения, които днес биха се определили като сектантски.
Със сигурност мнозина са чували за павликяните, тондракийците, богомилите, катарите, албигойците и други движения, определяни като еретични, които набират сила през Средновековието. Две от тях тръгват от арменските земи, за да се пръснат из ред европейски страни, черпейки „вдъхновение“ от павликианството и тондракийците, т.е. формирайки своята философия и мироглед на базата на вижданията им за природата, човека и Бога и отношенията между тях.
През VII век в Армения се заражда павликянството, което през VIII—IX век започва да се разпространява широко в Мала Азия и в европейските владения на Византийската империя. За основател на църквата на павликяните се смята арменецът Константин от село Мананах, разположено близо до Самосат. Той приема името Силван в чест на един от сподвижниците на апостол Павел – така се залага традицията сред последователите на ереста да се наричат с имената на следовниците на християнския светец. Близо 30 години – от 657 до 684 г., той развива своята дейност, докато византийския император Константин Погонат не изпраща войски, ръководени от офицера Симеон, за да потуши движението на павликяните и да накаже лидерите му. Той се справя с поставената задача и Силван е убит. Но докато византиецът разпитва заловените последователи на ереста, той остава впечатлен от тяхната искреност и принципите на вярата, която изповядват. Когато се връща в Константинопол, Симеон вече е заразен от идеите на павликяните и скоро оглавява движението като взима прозвището Тит. В течение на трите години, докато той ръководи, успява да привлече много последователи, докато през 669 г. император Юстиниан II не организира поредната наказателна акция и не убива Тит и мнозина от съидейниците му.
Малкото, което се знае за структурата на павликянското движение е от трудовете на неговите противници. Първото му известно споменаване е от Двинския синод на Арменската църква през 719 година, който забранява пренощуването в домовете на „еретиците павликяни“.
Въпреки гоненията, движението укрепва позициите си сред широки кръгове от населението и достига апогея си през 844 г. с основаването на Павликянската държава с център Тефрике – днешен Дивриги в област Сивас, Турция. Павликяните са превъзходни бойци и с арабските си съюзници представляват опасност на източните граници на Византия. Те завладяват територията от град Ефес (50 км южно от град Измир) до град Никомедия (в близост до Цариград). Василий I успява да сломи съпротивата на павликяните и през 871 г. превзима Тефрике, а оцелелите павликяни бягат в Армения и Сирия.
Не можем да подминем ролята на императрица Теодора в борбата срещу павликянското движение. Сред византийските императори и високопоставени синовници, императрицата, която е от арменската династия Мамиконян, проявява особено жестокост в преследването на павликяните. През 843-844 г. по нейна заповед византийските войски се придвижват на изток, за да отблъснат арабите от Мелитена и да унищожат еретиците. Северно от Кесария, при Мавропотамос, византийските войски претърпяват съкрушително поражение. Това обаче не обезкуражава Теодора. Тя изпраща своите магистри Аргирис, Дукас и Судалис на изток. Този път византийците успяват да победят павликянската армия и да избият и ограбят стотици хиляди хора. Историците пишат, че заловените са или изгаряни живи, или хвърляни в бездна. Халкидонската църква канонизира Теодора за тези кървави дела.
По време на управлението на императрицата, павликяните се обединяват около Карбеас – млад офицер във византийската армия. Когато чува, че баща му също става жертва на скорошните действия на византийските войски, той събира около себе си 5000 войници и преминава към Мелитина при арабите. Арабският емир го приема и го изпраща при халифа, а той позволява на него и на поддръжниците му да останат в селищата Аргус и Амаба в Себастия.
Без да се разпростираме надълго над историята на павликянството, нека да споменем накратко как виждат света. Те са привърженици на дуалистичната антропология. Според представите им, човешката природа се състои от две същности – телесната, състояща се от материя и духовната, която има божествен произход. Смятат, че зародишът на божествения живот се съдържа у всеки човек и всеки при благоприятни условия е способен в една или друга форма да възприеме посланието за божествената истина. Според павликяните Демиургът, който е „сътворил“ човека чрез съединяването на неговите духовна и телесна същности, се опитва да удържи първия човек в абсолютно робство. Първият човек не трябва да осъзнава своята висша дарба, за да не се появи у него стремеж да се освободи от царството на създателя. Оттук идва и заповедта да не яде от дървото на познанието за доброто и злото. Но Адам не се всушва в заповедите на Демиурга и неговото непослушание разкъсва оковите на робството. Така той и неговият род достигат до осъзнаването на своята висша природа.
Изследователите са на мнение, че павликяните не смятат грехопадението в Едем за прегрешение, а за благо и необходима предпоставка за бъдещо изкупление. Те вярват в съществуването на иманентна връзка между човешките души и всевишния Бог, която не може да бъде разрушена от Демиурга. Павликияните различават Небесния отец, т.е. благия Бог от създателя на видимия свят и човешкото тяло, т.е. Демиурга. Според тях всяка душа съдържа Божествено откровение и благодарение на това може да противостои на влиянието на последния. Мнението им е, че това се потвърждава от Евангелието на Йоан (11:4-5) – павликяните приемат Новия завет, без някои негови части. Убедени са, че на човека е присъща свободната воля и именно от неговите решения зависи дали ще се подчини на властта на греха, загърбвайки зрънцето божествена светлина в душата си или ще следва пътя, предначертан от божественото откровение и по-този начин ще отгледа в себе си зрънцето на божествения живот, дарявайки му свобода и сила. Освен това вярват, че колкото и ниско да падне човек, благодарение на природата си той не може напълно и завинаги да бъде лишен от вечната си причастност към Бог.
Освен това представата на павликяните за природата на Иисус Христос е близка до вижданията на докетизма. Според учението им Спасителят идва на Земята като небесно същество, бидейки посланик на Висшия свят и след като изпълнява земната си мисия, се връща в небесното си обиталище. Те вярват, че тялото му напомня на обичайно такова само по своя външен вид, а в действителност се състои от някакво „тънко“ вещество, привнесено от Висшия свят и то му дава възможност да извърши чудесата, които са описани в евангелията.
Павликяните изповядват, че Дева Мария – майката на Иисус, е послужила само като канал, като инструмент за идването на Спасителя на този свят. И затова се противопоставят категорично на отдаването на почит към нея като на Божия майка. И се основават в твърденията си на съдържащите се в светите писания данни за това, че тя е имала и други синове след Спасителя и следователно не може да се смята за „дева“ (Матей 12:46-48; Матей 13:55-56; Лука 8:19-21).
На разпятието павликяните придават символично значение. Те твърдят, че Христос слиза от небесното царство в това на демиурга, „пропускайки“ себе си чрез него (подобно на водата, която преминава през почвата). Не приемат и свойствената за християните доктрина изкупителната жертва на Христос, който уж със страданията си изкупва греховете на човечеството. Смятат подобно мислене за абсурдно. Затова и осъждат преклонението пред кръста, който за тях е парче дърво, оръдие на злодеите за наказание и символ на проклятие. Паралелно с това обаче почитат кръста като геометрична фигура, която има символично значение.
Павликяните поддържат виждането за възстановяването на простотата, свойствена на апостолите. Те са яростни противници на многобройните външни църковни церемони и ритуали, които според тях са свидетелство за духовния упадък на християнската църква. Борят се решително срещу представата за магическите ефекти от външните церемонии и по-специално – църковните тайнства, които уж са способни да лекуват болести и да решават други проблеми. Отричат кръщаването с вода, твърдейки, че под кръщение Христос е имал предвид само духовен процес, тъй като благодарение на своите учения сам Иисус става жива вода за пречистването на човешката природа. Отричат и причастието, заявявайки, че яденето от плътта и кръвта Христови всъщност е метафора, чиято същност се състои във встъпването в жизнена връзка с него чрез приемането на учението му, на словото му, които се явяват същността – неговите истински тяло и кръв.
Павликяните отричат яростно църковния разкош и разпуснатостта на духовенството, отричат църковната йерархия, настояват църковните обреди да бъдат по-опростени. Те осъждат почитането на светците и на иконите, защото го смятат за идолопоклоничество. Искат да се възстанови социалното равенство по примера на раннохристиянските общности, което разбират не само като равенство пред Бог, но и в социален аспект.
След като павликянството започва да губи влиянието и силата си (от арменските и близкоизточните земи павликяните са принудително отведени от Източната Римска империя към Балканския полуостров, по-точно към България, като са концентрирани най-вече около Филиполол, т.е. дн. Пловдив), широко разпространение започва да получава друго движение – това на тондракийците.
Според византийският историк Теофан, павликяните са преселени от Армения в Тракия през 747 г. По-късно, по времето на император Лъв V Арменец, императрица Теодора и император Василий I, се извършват нови преселвания на павликяни. Последното голямо преселване е през 970 г., когато в района на Филипопол се заселват 200 000 арменци – тондракити. Според американската византоложка Нина Гарсоян, тези арменци са потомци на павликяни, които са преселени в Сирия след падането на Павликянската държава през 871 г., а тондракитите са последователите на павликянството в Армения. Някои изследователи са на мнение, че Рипсиме (типично арменско име) или Хрипсиме – майката на цар Самуил, е от виден павликянски род.