Общоарменският благотворителен съюз (AGBU) – най-голямата арменска благотворителна организация, поиска арменските власти да прекратят наказателните обвинения срещу Католикоса на всички арменци Карекин II и шестимата епископи на Арменската апостолическа църква (ААЦ). В изявлението си от организацията подчертават, че преследването на духовното ръководство няма основание нито в закона, нито в историческата традиция и поставя под въпрос спазването на религиозната свобода в страната.
AGBU изрази загриженост относно обвиненията, повдигнати от правителството на републиката срещу духовен водач на ААЦ. Представители на съюза смятат, че настоящата ситуация подкопава уважението към закона. Организацията заяви готовността си да посредничи в конфликта, ако бъде поискано това.
В заявлението си AGBU припомня, че арменската Конституция признава ААЦ за национална църква, гарантирайки ѝ правото на самоуправление и защитата на религиозната свобода. Въпросите, свързани с епископските позиции, трябва да се решават изключително в рамките на каноничното право и вътрешните процедури на църквата, се казва в него. Съюзът също така подчертава, че уважава демократично избраното правителство и законите на републиката, но остава непоколебим в уважението си към църковното ръководство и неговата роля за запазване на арменската идентичност по целия свят.
Конфликтът между властите и църквата ескалира, след като Карекин II уволни епископ Геворг Сароян от поста му като глава на Масиацотънската епархия на 10 януари. Той беше част от група йерарси, които подкрепиха кампанията на премиера Никол Пашинян за смяна на ръководството на църквата. В отговор през януари Сароян заведе граждански иск срещу Католикоса и членове на Висшия духовен съвет на ААЦ, настоявайки решението на католикоса да бъде обявено за невалидно. Съдът застана на страната на ищеца и временно го възстанови на поста му в очакване на окончателно решение. Църквата отказа да се съобрази, твърдейки, че назначаването и уволняването на свещеници са въпроси на каноничното право, извън юрисдикцията на гражданските съдилища. В края на януари Карекин II лиши Сароян от сан.
Следственият комитет на републиката образува наказателно дело заради неизпълнението на съдебното решение и за подбуждане към неговото неизпълнение. Главната прокуратура на Армения одобри обвинителния акт срещу католикоса. Така за първи път в историята на Армения главата на църквата се озова на подсъдимата скамейка по наказателно обвинение.
Сред ответниците по делото са освен председателят на Висшия духовен съвет на ААЦ Католикосът на всички арменци Карекин II, и още шестима членове на съвета: ръководителят на отдела за външни отношения архиепископ Натан Ованесян, архиереят на Австралийско-новозеландската епархия архиепископ Хайказун-Вреж Наджарян, епископ Вахан Ованесян – ръководител на програмата за обучение на духовенството и младежите, духовният водач на Сюникската епархия епископ Едгар Акопян, директорът на административния и икономически отдел на Първопрестолния Ечмиадзин епископ Бабаян и духовният глава на Гухаркската епархия епископ Артур Акопян. Всички те са обвинени по чл. 507, чл. 2 от Наказателния кодекс на Армения – възпрепятстване на изпълнението на окончателно съдебно решение, използвайки служебно правомощие. Ако бъдат признати за виновни, са изправени пред глоба или до две години затвор. Първото съдебно заседание бе насрочено за 7 август в Първоинстанционния регионален съд на Армавир. Само че не се състоя, тъй като назначеният по това дело съдия си направи самоотвод.
Възбуждането на наказателно дело срещу главата на ААЦ предизвика реакция не само сред редица арменски епархии и организации по света, но и международна такава. Форум 18 – международна организация за наблюдение на религиозната свобода, базирана в Норвегия, разкритикува предприетите от арменската съдебна институция действия. Анализът на структурата беше публикуван в навечерието на първото съдебно заседание. Форум 18 твърди, че прокуратурата нарушава конституционно защитената автономия на Арменската апостолическа църква. Организацията цитира Конституцията и законодателството на Армения, които гарантират автономията на религиозните организации и забраняват намесата на държавата във вътрешните им работи. Освен това, организацията отбеляза, че международните задължения на Армения в областта на правата на човека задължават властите да зачитат самоуправлението на религиозните институции.
Да припомним също, че за първи път от обявяването на независимостта най-висшият законодателен орган в Армения започна работа без традиционната благословия на католикос Карекин II. Духовният глава така и не получи покана да участва в първата сесия на парламента, затова пък той прие депутатите от опозицията в резиденцията си в Първопрестолния Ечмиадзин и ги благослови.
Опитвайки се да оправдае действията на властите, един от парламентаристите от мнозинството заяви, че никой не е забранил на католикоса да дойде в парламента и че той е могъл да се появи там по собствена инициатива.
Резултатът от предстоящия процес може да окаже значително влияние върху баланса между светската власт и църковното самоуправление, както и върху отношението на международната общност към правата на човека в Армения.